En México, las regiones que producen dicha variedad de chile son Baja California Sur, San Luis Potosí, Chiapas, Sonora, Tabasco y Veracruz, sin embargo más del 50% de la producción destinada a los mercados nacional e internacional proviene de Yucatán, Campeche y Quintana Roo. De ahí que productores y autoridades de Yucatán en 2006 promovieran ante el Instituto Mexicano de la Propiedad Industrial (IMPI) la denominación de origen con lo que únicamente el chile habanero y sus derivados (como son las salsas) producidos en el estado de Yucatán ostenten la denominación “chile habanero de Yucatán”.

Después de una controversial situación jurídica por el Certificado de Denominación de Origen, se determinó el día 9 de septiembre de 2009; que el habanero es legalmente certificado en cualquiera de los estados de la península de Yucatán (Campeche, Quintana Roo y Yucatán) por lo que llevaría el nombre de «chile habanero de la península de Yucatán»,lo que ocasionó protesta e inconformidad de algunos sectores científicos y productores afectados.

En la actualidad en diversos países se han obtenido diversas hibridaciones de las cuales se han obtenido chiles menos picantes, de igual forma en los campos yucatecos la polinización realizada por diversos insectos en los arbustos de diversas especies de ají han dado como resultado que en la actualidad los «habaneros» sean menos picantes y con aspectos semejantes a otras variedades.